Υπάρχουν δύο κατηγορίες βλαστικών κυττάρων.

Εμβρυϊκά βλαστικά κύτταρα: Αυτά προέρχονται από ένα έμβρυο (δηλ. γονιμοποιημένο ωάριο). Η πηγή τους είναι αντικείμενο διένεξης και γι’ αυτό αναφέρονται συχνά στα μέσα ενημέρωσης, καθώς αντιπροσωπεύουν ένα πάγιο ηθικό δίλημμα.

Ενήλικα βλαστικά κύτταρα: Μπορούν να απομονωθούν από έμβρυα, παιδιά και ενήλικες.

Υπάρχουν διάφοροι τύποι ενήλικων βλαστικών κυττάρων, π.χ. αιμοποιητικά, μεσεγχυματικά, ενδοθηλιακά κλπ. Μεσεγχυματικά βλαστικά κύτταρα μπορούν να απομονωθούν από διάφορους ιστούς, π.χ. μυελό των οστών, λιπώδη ιστό, ιστό ομφαλίου λώρου. O ομφάλιος λώρος και ειδικότερα το τμήμα του που ονομάζεται «γέλη του Wharton», αποτελεί πλούσια πηγή μη αιμοποιητικών μεσεγχυματικών βλαστικών κυττάρων. Τα κύτταρα αυτά είναι διαφορετικά από τα αιμοποιητικά βλαστικά κύτταρα τα οποία βρίσκονται στο ομφαλοπλακουντιακό αίμα και χρησιμοποιούνται κυρίως για αιματολογικές παθήσεις.

Σύμφωνα με τα τρέχοντα ερευνητικά δεδομένα, τα μεσεγχυματικά βλαστικά κύτταρα αναμένονται να διαδραματίσουν πολύ σημαντικό ρόλο στην Αναγεννητική Ιατρική για την ανάπλαση ιστών και οργάνων και στη Μηχανική Ιστών για την επισκευή ή την αντικατάσταση τμημάτων ή ολόκληρων ιστών. Πρόσφατες μελέτες με μεθόδους μηχανικής ιστών χρησιμοποιώντας μεσεγχυματικά βλαστικά κύτταρα οδήγησαν στη δημιουργία τεχνητών βαλβίδων και  αγγείων.  Τα κύτταρα αυτά εκτός από την ιδιαίτερη πλαστικότητα τους η οποία τα καθιστά σημαντικά στην ανάπλαση ιστών, διαθέτουν και άλλες σημαντικές ιδιότητες όπως:

• Η ανοσορυθμιστική τους δράση. Λόγω της ανοσορυθμιστικής τους δράσης, βρίσκονται στο επίκεντρο ερευνών και κλινικών δοκιμών για τη θεραπεία χρόνιων αυτοάνοσων και φλεγμονωδών νοσημάτων, όπως η ρευματοειδής αρθρίτιδα, η νόσος του Crohn και η σκλήρυνση κατά πλάκας.
• Η δυνατότητα τους να υποβοηθούν τα αιμοποιητικά βλαστικά κύτταρα.  Η δυνατότητα αυτή τα καθιστά πολύτιμα εργαλεία στις μεταμοσχεύσεις, καθώς η ταυτόχρονη χορήγηση τους με τα αιμοποιητικά βλαστικά κύτταρα βοηθάει τη γρηγορότερη εγκατάσταση και εμφύτευσή τους.    
• Η ευκολία μεταμόσχευσης χωρίς ιδιαίτερους περιορισμούς σε επίπεδο συμβατότητας. Το γεγονός αυτό, διευκολύνει αφενός την ταυτόχρονη χορήγηση μεσεγχυματικών και αιμοποιητικών βλαστικών κυττάρων, αφετέρου δυνητικά θα καθιστά εύκολη τη χρήση τους από όλα τα μέλη της οικογένειας στο μέλλον.